設綜合處(衛生部WTO相關事務辦公室)、法規處、政策研究一處、政策研究二處、行政復議處。起草衛生法律法規草案,組織擬訂衛生政策和標準;起草部門規章;承擔機關有關規範性檔的合法性審核工作;承擔有關行政復議和行政應訴工作。

   負責綜合性衛生政策研究;擬訂宏觀衛生政策與衛生改革方案並組織分析、評估;負責起草重要會議文件、部領導重要講話、政策研究報告;組織擬訂衛生(含中醫藥、食品安全、藥品、醫療器械,下同)法律法規、衛生標準工作規劃和年度計畫;組織協調衛生法律、行政法規、部門規章、衛生標準的擬訂和呈報;負責部門規章及執法工作中有關法律問題的解釋;組織法制宣傳教育及衛生法制理論研究工作;負責行政復議及行政應訴,主持重大行政處罰和行政許可事項聽證;負責世界貿易組織涉及衛生的有關工作;負責衛生標準委員會的歸口管理;指導地方衛生政策、衛生法制、衛生標準工作。